Madagaskar animasyon filmi serisinin bir ast filmi olan Madakaskar Penguenleri’nin yönetmenliğini Eric Darnell ve Simon J. Smith yapmıştır. Filmin senaryosu Michael Colton ve John Aboud göre kaleme alınmıştır.
Film, ilk film olayından yıllar önce Antarktika’da başlıyor. Bir penguen sürüsü bir yerlerde yürümektedir. Genç penguenler Skipper, Kowalski ve Rico nereye gittiklerini sorarlar, ancak diğer penguenlerin umrunda değildir yalnızca yürümektedirler. Bir yumurta yuvarlandığında, birkaç yumurta kaybettiklerini ve bunun işin doğasında olduğunu söylerler. Skipper, doğaya karşı çıkmaya karar verir ve Foklarla batmış bir tekneye düşen yumurtanın peşinden gider. Rico yumurtayı yutar ve fokları kandırarak teknedeki zıpkını ateşleyip onları sürüklenen bir buzdağına gönderirler. Rico daha sonra yuttuğu yumurtayı bitmiş kusar ve içinden Private adlı penguen çıkar. Private, üçlünün ailesi olup olmadığını sorar. Kowalski ona bir ailesi olmadığını ve öleceklerini söyler. Kavgalı Skipper, Kowalski’ye tokat atar ve Private’a bundan böyle ailesi olduklarını söyler. Buzdağı, sonraki filmlerdeki olayları başlatarak uzaklaşır.
Film daha sonra Madagaskar 3 filminin kaldığı yere atlar. Penguenler (Private hariç), katıldıkları sirke bir ara verme vermeyi planlamaktadır. Amerika Birleşik Devletleri altın deposuna girip Private’in 10. doğum gününü kutlamaya karar verirler. Binaya sızdıktan daha sonra Skipper, Private‘e dünyada en fazla neyi istediğini sorar. Private, ekibin anlamlı ve değerli bir üyesi elde etmek istediğini söyleyerek cevap verir, fakat Skipper reddeder ve ona bir atıştırmalık ikram eder. Private atıştırmalığı almaya çalıştığında, otomat onu içeri çeker. Penguenler onu çıkarmaya çalışır, ama tümü pat diye otomata girerler, bir olaylar silsilesi başlar ve binadan fırlayıp bir helikopterden denizaltıya düşerler.
Tüm atıştırmalıkları yedikten sonra, penguenler otomat makinesinden çıkar ve Rico’nun ataçını kullanarak bir kafesten kaçarken Private bu süreçte ataçı yer. Skipper, onu ekibin anlamlı ve değerli bir üyesi olarak adlandırır. Kontrol konsolunda Private, onları ilginç bir şekilde adlarını bilen bir insana götüren düğmelere basmaya başlar. Kendisini Hekim Octavius ??Brine olarak tanıtır ve kendisinin ekibin hiçbirinin hat��rlamadığı “Dave” isim��nda bir ahtapot olduğunu söyler. Dave, penguenler gelene kadar Central Park Hayvanat Bahçesinde bir yıldız olduğunu anlatır. O zamandan beri hayvanat bahçesinden hayvanat bahçesine taşınmış ve her zaman penguenler kadar şöhreti gölgede bırakılmıştır. Bu, onlara karşısında ciddi düşmanlığına katkıda bulunmuştur. Bu yüzden herhangi bir organizmayı çirkin canavarlara dönüştürecek bir kimyasal olan Medusa Serum’u ortaya çıkarır ve ahtapot yandaşlarına penguenlere saldırmalarını emreder. Penguenler bir teneke kutu çalıp Venedik kanallarına kaçmayı başarır ve kaçmak için bir kanonun peşine düşerler.