Dinozorların kontrolden çıktığı serinin üçüncü filmi Jurassic Park 3’ün yönetmen koltuğu bu sefer Joe Johnston’a ait. Filmin senaryosu ise Peter Bucnhman, Alexander Payne ve Jim Taylor göre yazılmıştır.
Genç Erik Kirby (Trevor Morgan), Kosta Rika’nın batısındaki yemyeşil bir adanın yakınında annesinin erkek arkadaşı Ben Hildebrand (Mark Harelik) ile birlikte bir gemiye bağlanmış paraşütte havada süzülmektedir. Çekme teknesi bir sisin içinden geçer ve çekme halatı birkaç kez sarsılır. Sisten meydana çıkan iki adam, ortadan kaybolmuştur, bu yüzden tekne kayalara çarpar. Deniz paraşütçüleri tekneden iplerini çıkarır ve ıssız adaya inişlerini denetleme etmeye çalışırlar.
Film sonra minik Charlie (Blake Michael Bryan), arka bahçesindeki kum havuzunda dinozorlarla oynadığı sahneye geçer. Paleontolog Dr. Bölge Grant (Sam Neill), hangi dinozorların avcı olduğu konusunda onu düzeltmeye çalışır, bu yüzden annesi Dr.Elie Sattler (Laura Dern), demin bunları anlayışlı olmak için minik bir yaşta olduğunu belirtmelidir. Kocası Mark Degler (Taylor Nichols) onlara katılır ve birlikte akşam yemeği yerler. Mark,” Dinozor Adam Bölge” lakaplı Bölge çocukları kontrol ederken, yeni araştırma bulgularını eski kazı ortağı ve Jurassic Park’a yaptığı şanssız ziyaretten kurtulan arkadaşı Ellie’ye açıklar. Alan, son bulgularının, ilk araştırma konusu olan velociraptor’ın daha önce bulduklarından fazla daha akıllı olduğunu ortaya çıkardığını söyler. Alan ayrılırken Ellie ona bir şeye ihtiyacı olursa aramasını söyler.
Alan, son oditoryum konferansına çok az ilgi toplayabilmiştir, sonik yetenekler ve dolayısıyla raptorlar arasındaki mümkün irtibat üstüne konuşmalar yapmaktadır, lakin öğrencileri yalnızca Jurassic Park’taki veya San Diego Tyrannosaurus olayındaki deneyimlerini sormak istemektedir. Bir cevapta, hiçbir şeyin onu dinozor adalarına dönmeye ikna edemeyeceğini belirtir.
Çölde hurdalık olarak kullanılan bir havaalanında, kiralık adam Cooper (John Diehl) ve M.B. Nash (Bruce A. Young) kuvvetli bir büyük kalibreli silahı test ederken, rezervasyon acentesi Bay Udesky, (Michael Jeter) Bay Kirby’ye telefonla en iyi adamları tuttuğunu ve her şeyi halledileceğini söyler.
Kazı alanına dönen Alan, asistanı Billy Brennan’a (Alessandro Nivola) paralarının tükendiğini söyler. Billy, ona bir raptor kafatasındaki sondaj boşluğundan yarattığı bir model gösterir ve içinden hava geçtiğinde ürkütücü bir ses ortaya çıkar. Onları akşam yemeğine misafir etme eden Paul Kirby (William H. Macy) tarafından işleri yarıda kesilir. Billy, gönülsüz Alan namına daveti kabul eder. Akşam yemeğinde maceracı Paul ve Amanda Kirby (TéaLeoni), Bölge’dan, Jurassic Park’ın “ikinci adası” olan Isla Sorna üzerindeki bir uçuşta rehber olmasını ister ve kazıya fon sağlamaya devam etmek için cömert bir bağışta bulunur.
Küçük bir uçak suyun üzerinden Sorna Adası’na dürüst uçar. Billy, kamera ekipmanını ayarlar ve Alan’a kamera çantasının çok eskiden bir keresinde hayatını nasıl kurtardığını açıklar. Alan uyuyakalır ve uyandığında uçakta insan kalmadığını görür ve konuşan bir velociraptor ile karşılaşır. Ses, Billy’nindir, Alan’ı bu kabustan uyandırmaya çalışmaktadır. Karaya inerken, Kirby ve mürettebat endişeli bir şekilde pencerelerden dışarı bakmaya başlamıştır, Alan günahsız bir şekilde paleontolojik manzaraları göstermeye çalışır. İnmek niyetinde olduklarını anlayınca Alan onları durdurmak için kokpite koşar ve adamlardan biri onu bayıltır. Uyandığında, çalıların aras��nda “Eric” adında biri için bağırmaktadırlar. Bölge onlara bağırmanın kötü bir akıl olduğunu söyler ancak daha pozitif bağırmaya neden olur ve yüksek sesle hırıltı duyulur. Billy bunun bir tyrannosaur olduğunu düşünür, lakin Bölge bunun daha büyük bir şey olduğunu söyler. Grup uçağa binmek için acele ederken Cooper’ın kayıp olduğunu ayrım ederler. Çalılıktan silah sesleri duyulur. Uçağı çalıştırırlar ve pistte ilerlemeye başladıkları sırada, zarar görmüş Cooper aniden yollarında belirir ve durmaları için el sallayıp ağlamaya başlar. Pilot Nash duramayacağını bilmektedir ve bir anda ağaçların arasından iri bir dinozor çıkıp Cooper’ı yutar, bir çarpışmadan kaçınmaya çalışırken uçağa kan sıçrar. Yakacak hatları koptuğunda, uçak ormanın içine düşer, sonunda bir ağaca çarpıp durmadan önce kanatlarını ve kuyruğunu kaybeder.
Grup sinirlerini toparlarken, radyonun bozuk olduğunu fark ederler ve destek dilemek için Paul’ün uydu telefonunu kullanmaya çalışırlar, ancak iletişime geçemezler. Nash, telefonu güvenli bir şekilde yelek cebine yerleştirir. Birkaç dakika sonradan uçağın önü, Nash’i yakalayıp çığlık atan uzun bir dinozor göre parçalanır. Yere düşer ve dinozor onu yakalayıp yer. Canavar dikkatini uçağa döndürürken, herkes arkaya koşar ve enkazın dengesini bozarak yere düşmesine niçin olur. Dinozor gövdeyi tekrar tekrar yuvarlayarak yolcuları sarsar ve sonunda yanda bir delik açar. Burnunu içeri sokarken kaçarlar ve beslenen bir tyrannosaurusrex ile karşılaşırlar. Alan herkese değişmez durmasını emreder ama tümü kaçar. İki dev dinozor buluşur, gerisinde halk yeniden kaçarken onunla düello yapar. Savaş esnasında, daha büyük dinozor, tyrannosaurun boynunu kırar. Bölge, durum yerinden çeper kuvvet canlı kurtulur. Zaten gelmek istemediği bu adadan derhal de gidememektedir…