Serisinin ilk filmi olan G.I. Joe: Kobra’nın Yükselişi 2009 yılında ülkemizde gösterime girmiştir. Filmin yönetmenliği Stephen Sommes tarafından yapılmış, senaryosu ise Stuart Beattie, David Elliot, Paul Lovett ve Michael B. Gordon göre kaleme alınmıştır.
Film 1641’de Fransa’da başlamaktadır. İskoçyalı Klan McCullen, keza İskoçlara ayrıca de Fransızlara tabanca satmakla suçlanıyor. Jüri, vatana ihanetten idam edilmek yerine, onu küçük düşürmek için yüzüne bembeyaz bir maske yapıştırır. Yakın gelecekte, onun akrabası ve tabanca uzmanı James McCullen (Christopher Eccleston), tüm bir şehri yok edebilecek nano teknoloji tabanlı bir silah yaratmıştır. MARS şirketi NATO’ya dört savaş başlığı satıyor ve ABD Ordusu savaş başlıklarını teslim etmekle görevlendirilir. Duke (Channing Tatum) ve Ripcord (Marlon Wayans), Duke’un eski nişanlısı Başlıca Lewis olduğunu kabul ettiği Barones (Sienna Miller) kadar pusuya düşürüldüklerinde savaş başlıklarını teslim ederler.
Duke ve Ripcord, Scarlett (Rachel Nichols), Snake Eyes (Ray Park) ve Heavy Duty (Adewale Akinnuoye-Agbaje) tarafından kurtarıldı. Savaş başlıklarını The Pit’e götürürler, G.I. Joe’nun, Kuzey Afrika’daki komuta merkezi ve vardıktan sonra G.I.’ın başı General Hawk (Dennis Quaid) ile buluşur. Hawk, savaş başlıklarının komutasını alır ve Duke ile Ripcord’u mazur görür, fakat Duke, Barones’i tanıdığını açıkladıktan sonra onların grubuna katılmaları için ikna olur.
McCullen’in, Doktor’un (Joseph Gordon-Levitt) yardımıyla bir asker ordusu kurmak için benzer nano teknolojiyi kullandığı, panik yaratmak ve yeni bir dünya düzeni getirmek için savaş başlıklarını kullanmayı planladığı ortaya çıkar. Bir izleme cihazı kullanarak McCullen, G.I. Joe üssünün yerini bulur ve Storm Shadow (Lee Byung-hun) ve Barones’i savaş başlıklarını Zartan’ın (Arnold Vosloo) yardımıyla geri almaları için gönderir.
Bir kavgadan daha sonra, Storm, Shadow ve Barones savaş başlıklarını alır ve onları savaş başlığının yok edici gücünü uygulamak için Eyfel Kulesi’ni yok etmek için silahlandırması ve kullanması için Barones’in kocası Baron DeCobray’e götürür. Paris’e dürüst ilerleyen Joe’lar, onları sokaklarda peşine düşüp takip eder, oysa füzeyi fırlatmalarını engelleme konusunda başarısız olur. Duke, öldürme düğmesine basmayı başarır, ancak bunu yaparken yakalanır ve McCullen’in, Kuzey Kutbu altındaki üssüne götürülür.